O Programa de Pesquisa em Biodiversidade – PPBio foi desenvolvido pela SEPED do MCT em consonância com os princípios da Convenção sobre Diversidade Biológica e com as Diretrizes da Política Nacional de Biodiversidade (Decreto 4.339 de 22/08/2002). O Programa foi oficializado pela Portaria MCT nº 268, de 18.06.2004, que define seu objetivo principal e seus quatro objetivos específicos, e modificado pelas Portarias MCT nº 382 de 15 de junho de 2005 e MCT nº 388 de 22 de junho de 2006.

A abrangência do Programa é nacional, e em sua fase inicial impulsionará as atividades na Amazônia Oriental - Museu Paraense Emílio Goeldi (http://www.museu-goeldi.br/biodiversidade/index.asp), na Amazônia Ocidental - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (http://ppbio.inpa.gov.br) e no Semi-árido - Universidade Federal de Feira de Santana (http://www.uefs.br/ppbio/index.html). O Programa adota um modelo de gestão descentralizado, onde a a implementação de suas ações se faz em articulação com agências de fomento à pesquisa e com apoio direto de institutos de pesquisa e universidades, designados para exercerem a função de Núcleos Executores do PPBio. 

O objetivo central do PPBio é articular a competência regional e nacional para que o conhecimento da biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada. Os objetivos específicos do Programa são:
I - apoio à implantação e manutenção de redes de inventário da Biota;
II - apoio à manutenção, ampliação e informatização de acervos biológicos do País (coleções ex situ);
III - apoio à pesquisa e desenvolvimento em áreas temáticas da biodiversidade;
IV - desenvolvimento de ações estratégicas para políticas de pesquisa em biodiversidade.